Начало нового века стало началом нового этапа в жизни нашего вуза. На базе Пензенского технологического института путем слияния Пензенского химико-технологического техникума, профессионального лицея № 4 и профессионального училища № 14. Распоряжением Правительства Российской Федерации от 20 декабря №1873 создана Пензенская государственная технологическая академия. С этого момента в регионе появился динамично развивающийся научно-образовательный комплекс, готовящий востребованные технические кадры для всех уровней производства от рабочего до инженера-руководителя.
Создание академии повлекло изменения в ее структуре: в 2004 году создано четыре факультета ВПО: институт промышленных технологий, институт промышленной информатики, экономики и сервиса, институт образовательных технологий, факультет вечернего и заочного обучения. В этот же период начинается работа по открытию филиалов г. Заречном, Кузнецке и Каменке.
По итогам 2004 года академия стала лауреатом регионального конкурса "Бизнес-Олимп" в номинации "Бизнес – Школа" и принята в Ассоциацию пензенских промышленников. Вступление академии в 2004 году в региональное отделение работодателей «Ассоциацию пензенских промышленников» стало фактом признания значения академии в деле подготовки высококвалифицированных специалистов.
2003 – 2005г. академия становится коллективным членом ряда общественных международных и российских академий и образовательных ассоциаций: с 2003 г. – Международной Академии наук педагогического образования (Россия), с 2004 г. – Европейской Академии информатизации (Бельгия, г. Брюссель), с 2004 г. – Ассоциации инженерного образования (Россия), с 2005 г. – Международной сети агентств по обеспечению качества высшего образования (INQAAHE),.
2005 – 2006 г. победа академии во Всероссийском конкурсе «Системы обеспечения качества подготовки специалистов», подтверждающая высокий уровень подготовки молодых кадров для реальных секторов экономики.
В 2006 году система студенческого самоуправления признана одной из лучших в России, что позволило студентам ПГТА выступать в качестве организаторов региональных и всероссийских школ студенческого самоуправления С этого момента началась новая история студенческого движения вуза.
2004 – 2009 г. открытие новых специальностей ВПО, СПО и НПО, ориентированных на региональный рынок труда: «Управление качеством», «Информационные системы и технологии»,«Технология продуктов общественного питания», «Биотехнологии», «Биотехнические и медицинские аппараты и системы», «Пищевая инженерия малых предприятий», «Информационные технологии в дизайне», «Теоретическая и прикладная лингвистика» и др.
2004 г. – создание сектора аспирантуры при отделе научных исследований ПГТА. С 2004 – 2009 – открытие широкого спектра специальностей послевузовского образования, позволяющих растить в академии новое поколение научно-педагогических кадров.
Особое внимание в новый период развития вуза уделяется инновационной политике вуза и информатизации образовательного процесса. С этим связано и совершенствование материально-технической базы вуза, развитие международных связей ПГТА.
2004 г. – создание Центра дополнительного образования «Техника», реализующего программы дополнительного профессионального образования, переподготовки и повышения квалификации для специалистов различных направлений, а также программы обучения Открытого Университета Великобритании
В 2006 году открыт Центр инноваций ПГТА, разработки которого высоко оценены на региональных, всероссийских и международных выставках, инновационных форумах. В 2007 году впервые в регионе студенты ПГТА побеждают во Всероссийская конференция обучающихся «Национальное Достояние России», учредителями которой выступают Министерство образования и науки РФ, Федеральное агентство по образованию, Федеральное космическое агентство, Общероссийская общественная организация «Национальная система развития научной, творческой и инновационной деятельности молодежи России». В новом веке ежегодно научные работы студентов академии становятся лауреатами и дипломантами не только этого престижного конкурса, но и многочисленных конференции, выставок, олимпиад и конкурсов, проводимых в регионе и стране.
В 2007 году на базе ЦДО «Техника» ПГТА открыт региональный центр Международная компания APTECH WORLDWIDE, март 2008 года  открыт учебный центр ПГТА & Softline, сентябрь 2008 – Центр информационных технологий ПГТА., где ведется обучение по основным и дополнительным образовательным программам, проводятся различные конкурсы и акции для молодежи по информационно-телекоммуникационной тематике, организовано повышение квалификации преподавателей и обучение государственных служащих на пользовательских курсах.
Создание в академии в первом десятилетии 21 века единого образовательного контента на основе информационной системы вуза позволило расширить спектр образовательных услуг ПГТА, а электронные учебники академии, являющиеся неотъемлемой частью системы подготовки специалистов в ПГТА, становятся в 2008 году победителями конкурса «100 лучших товаров России».
2008 г. – вступление академии  Союза Машиностроителей России, и Торгово-промышленной палаты РФ, что определяет статус академии как ведущего технического вуза региона и позволяет координировать ее образовательную деятельность в соответствии с задачами государства и требованиями современного общества.
Март 2008 года – открытие учебно-лабораторный комплекса «Биотехнология», позволяющий на новом уровне вести научные исследования и растить кадры для предприятий химической и пищевой промышленности.
Октябрь 2009 года – открытие интерактивного класса учебно-производственного комплекса ПГТА. Теперь комплекс оснащен новым оборудованием – компьютерным классом с лицензионным программным обеспечением и станком с ЧПУ, позволяющим готовить высококвалифицированные кадры для машиностроительной отрасли.
Декабрь 2009 – 50летие Пензенской государственной технологической академии – юбилей вуза, чья история неотъемлема от истории развития технического образования в стране и регионе.
Начиная с 2010 года ПГТА в соответствии с действующей лицензией ведет образовательную деятельность по 30 основным образовательным программам направлений и специальностей ВПО (ГОС -2) (специалисты, бакалавры, магистры), 31 специальности СПО (ГОС-2), 31 профессии НПО (ГОС-2), 19 программ дополнительного образования, 10 научным специальностям послевузовского профессионального образования.
В 2010 г. по инициативе федерального журнала «Аккредитация в образовании», Гильдии экспертов в сфере профессионального образования и национального центра общественно-профессиональной аккредитации академия приняла участие в крупномасштабном проекте «Лучшие образовательные программы инновационной России». Из 30 000 образовательных программ, реализуемых в российских вузах, эксперты – региональные советы ректоров, учебно-методические объединения, руководители крупнейших предприятий, центры занятости и сертифицированные эксперты, участвующие в процессе государственной и общественно-профессиональной аккредитации, в число тысячи лучших внесли пять образовательных программ ПГТА:
080801 – Прикладная информатика (по отраслям)
220301 – Автоматизация технологических процессов и производств (по отраслям)
151001 – Технология машиностроения
230101 – Вычислительные машины, комплексы, системы и сети
230201 – Информационные системы и технологии
С 2010 года в академии работают два совета по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям послевузовского профессионального образования 05.13.17 Теоретические основы информатики (технические науки), 05.13.08 Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ (технические науки), 03.02.08 Экология (в биологии, в химии и нефтехимии).
Подготовка кадров высшей квалификации осуществляется в аспирантуре вуза по 10 научным специальностям аспирантуры и двум научным специальностям докторантуры.
За последнее время учеными академии:
издано 58 монографий, из которых 5 опубликовано в центральных издательствах по результатам конкурсов издательских проектов РФФИ (3 - 2008, 2009, 2010), РГНФ (2 - 2009, 2010);
защищено 4 докторских и 54 кандидатских диссертации;
получено 98 патентов на изобретения, 77 свидетельств о регистрации программ для ЭВМ и баз данных.
В 2009-2011гг. созданы и успешно функционируют научно-образовательные центры, созданные в рамках партнерских соглашений о сотрудничестве академии с ведущими предприятиями региона: ФГУП ФНПЦ ПО «Старт» им. М.В. Проценко, ФГУП ППО «Электроприбор», ОАО НПП «Химмаш-Старт», ОАО НПП «Рубин», ОАО «Радиозавод», ОАО ФИИФИ, ОАО «Биосинтез» и др.
В академии работает научно-технический совет, центр инновационной деятельности, отраслевой научно-исследовательский инженерный центр, молодежный инновационно-технологический центр, в круг задач которых входит привлечение студентов и молодых ученых к выполнению научных и инновационных проектов, к участию в работе инновационных салонов и инвестиционных форумов.
В целях развития научно-исследовательской работы студентов (НИРС) в ПГТА созданы студенческие научные объединения. Численность студентов очной формы обучения, участвовавших в НИРС, увеличилась с 2007 г. по 2011 г. в 4,5 раза, объем средств, направленных на финансирование НИРС, возрос в 5,8 раза.
С 01.09.2011 г. в соответствии с госзаданием и ФГОС-3 началась подготовка: по направлениям основных профессиональных программ ВПО (16 программам бакалавриата, 8 – магистратуры); по 6 профессиям НПО и 13-ти специальностям СПО. В настоящее время в Академии обучается более 12 тысяч студентов по очной, очно-заочной (вечерней), заочной формам обучения по основным образовательным программам ВПО, СПО, НПО, более 200 аспирантов. Учебный процесс обеспечивают более 500 преподавателей, из которых 65% имеют ученые степени и звания, 12% докторов наук, профессоров.
В соответствии с Федеральным законом от 02.08.2009 г. № 217-ФЗ в целях практического применения результатов интеллектуальной деятельности вузом за период 2010 – 2011 гг. созданы 5 хозяйствующих субъектов – малых инновационных предприятий (МИПов): ООО «Научно-технический центр ИнфотехАГРО», ООО «Биомедтехника», ООО «Инновационные технологии в энергетике», ООО «Центр перспективных технологий», ООО «Научно-производственное предприятие «Техноград», целью образования которых является эффективное использование научно-технического потенциала академии для решения приоритетных задач обновления производства и проведения социально-экономических преобразований в Пензенской области.
В 2011 г. академия прошла успешную государственную сертификацию системы менеджмента качества.